Como ocurre con otras organizaciones de la sociedad, ha surgido un paralelismo en el Comité Nacional de Defensa de la Democracia (Conade). En este hay dos facciones que se atribuyen la representación: una al mando de Manuel Morales como ejecutivo y la otra con Yudith Bustillos como presidenta.
En el marco de este conflicto, el sector de Bustillos acusa a Morales de haber usado al Conade de manera política partidaria y como plataforma para su postulación para defensor del Pueblo. Bustillos dijo que, si bien Conade hace política, es por la defensa de los derechos humanos y no de manera partidaria. Aseveró que se retiró de Conade junto con otras cinco personas.
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